[瓦尔德克·卢梭内阁] 1899年6月12日，迪比内阁倒台。民族主义甚嚣尘上的局势需要资产阶级组成一个强有力的政府来维持共和制度和社会秩序。卢贝总统首先指定由普恩加莱组阁，但未获成功。于是，这项使命落到瓦尔德克·卢梭身上。
由瓦尔德克·卢梭组阁在当时对于维护资产阶级共和派的统治是合适的。他属于温和共和派，但反对温和共和派日益右倾的政策，因此，他既能得到一部分温和共和派的支持，又便于和激进共和派接近，容易得到议会多数的支持。他曾担任内务部长，1894年当选为参议员。他是一位大资产者，又是颇有声望的律师，当时已53岁。他性格冷峻，处事稳重，仪态不俗，有人把他比作冷血动物，称之为“站着的鱼”。
6月26日，议会通过内阁人选。这届内阁以“保卫共和内阁”而著称，其成员大多数是倾向德雷福斯的温和共和派。但它所依靠的多数是共和派的左翼：温和共和派内部的左翼反对派，激进共和派和社会主义者。而当时议会多数是以激进共和派为主的。因此，瓦尔德克·卢梭内阁的建立标志着激进共和派开始执掌政权。
瓦尔德克·卢梭在组阁后，为了迎合激进共和派的要求，也出于保卫共和制的需要，走上了反教权主义的道路，他所采取的最重要的步骤是制定结社法。
1899年11月14日，瓦尔德克·卢梭向议会提交了关于结社问题的法律草案，这是一个对全部结社作出规定的共同法，但世俗的结社早在1884年就作了规定，所以此法主要是针对宗教团体的。为了避免和教会直接冲突，他把本该针对宗教团体的特殊法规隐蔽在关于普通结社法的外壳下，而且在法律条文里避免使用“宗教团体”一词。草案规定：普通社团只要向省行政当局声明后就能自由成立，而部分由外国人组成，或受外国人领导的社团由内阁法令批准。后者指的就是宗教团体。但是，根据立法程序，提交议会审议的法律草案，不是提案本身，而是由议会委员会修改过的文本。议会委员会对内阁的提案作了重要修改。修改后的草案直接用了“宗教团体”一词，并规定这种团体的建立必须由议会立法批准，禁止未经批准的宗教团体的成员从事教学活动。
1901年1月15日，议会开始对结社法规进行辩论，4月初，法案以303票对224票获得通过。6月，法案被参议院批准。1901年7月1日在《公报》上颁布。
1901年结社法规走出了反教权主义的第一步，它打击了教权势力的嚣张气焰。法律颁布后，梵蒂冈被迫同意。1901年10月在147个未经批准的男性宗教团体中有64个，606个女性宗教团体中有482个申请议会批准，其他的宗教社团有的解散，有的迁往国外。
1902年，法国举行大选，选举结果使1/3的议员更新，激进共和派在议会中占据了绝对优势地位。1902年6月3日，瓦尔德克·卢梭以健康原因提出辞呈，激进共和派爱米尔·孔勃组成新内阁。从而完全确立了激进共和派在法国的统治。
[激进共和派的组织和主张]1901年分散在各地的激进派组织开始联合起来，建立了“激进社会党”。该党是法国第一个统一的、具有较严密纪律和组织的资产阶级政党。其组织呈金字塔型。在基层，有村镇委员会，县委员会，地区联合会，省联合会；在上层，有设在巴黎的执行委员会。每年召开一次代表大会以保持基层领导人的接触和联系。1901年6月23日在党的第一次代表大会上，总报告人米卡叶·贝勒当提出了党的纲领。这个纲领和从前激进派的要求没有多大区别，它大致包括：取消宗教团体的学校；政教分离；缩短军队服役期；废除军事法庭；实行累进所得税和工人退休金。纲领舍弃了以前激进派取消参议院的要求，而且表示不打算废除私有制。
这个左派资产阶级政党当它上台之后，面对无产阶级的强大力量，迅速变成了大资产阶级利益的忠实代表，它表面上同情群众，以小资产阶级的代言人面貌出现，实际上始终维护大资产阶级和中等资产阶级的利益，有时虽对工人作些让步，但仅仅是为了维护其统治。随着工人运动的发展，激进党采取了野蛮的镇压手段。所以，到了帝国主义时期，温和党、激进党所代表的阶级利益并无本质差别。
在20世纪初，激进共和党的对内政策主要有两方面，一方面针对教权主义，另一方面针对工人运动。
[孔勃内阁和政教分离法案]孔勃是反教权主义的激烈主张者，曾是1901年结社法委员会的主席。1902年上台后，立即实行了结社法，一年之内，关闭了未经允许的约10000所教会学校和3000多个修道会，没收了他们的财产。除了5个宗教协会外，孔勃拒绝所有请求批准的宗教协会。对已经批准的宗教团体，也通过法案禁止他们从事教学活动，限期10年内关闭他们的学校。
孔勃的行动引起了教权势力和右派势力的一致反对，受到罗马教皇的攻击。教皇公开支持法国反动势力，并与法国断绝外交关系，1904年孔勃政府在与教皇断绝外交关系后，开始制订国家与教会分离法案。孔勃内阁同时通过秘密调查了解军队军官的政治观点，力图清除军队中最反动的保皇派军官，提拔共和派的军官，实行军队改革。结果引起保皇军官和社会保守势力的不满和反对，在他们的压力下，孔勃于1905年1月被迫辞职，上述任务没有完成。
右翼激进党人鲁维埃组成新内阁后，无法阻止议会中多数派反教权主义的意向。1905年7月，众议院以341票对233票的多数通过了由白里安提出的政教分离法案。12月9日，又以181票对102票在参议院获得通过，正式废除了1801年的《政教协议》。
《政教分离法》保证法国人信仰自由，同时明确规定：“共和国对任何宗教信仰既不承认，也不给予工资和津贴。”凡属举行宗教仪式的开支，均将从国家预算、省政府预算及市镇预算中取消。法案还决定教会不许干预政治，教会只能管理宗教组织，学校只许在课外时间上宗教课，并宣布教会财产在清查造册后转归教徒，建立的组织所有，国家不再监督教会，教会占用的公共建筑一律归还国家。
法令在实施时遭到教会的强烈抵制，教皇唆使教徒起来公开反抗，有的教徒在本堂神甫的率领下，抵制对教会财产的清查，有的还捉来野熊，放在教堂门前，迫使警察离开教堂。有时国家不得不动用军队来实施法令。但这一法令却得到了法国大多数人的支持和接受。事实上它打击了教权势力，终于使天主教和国家机构分离，并实行了教育的世俗化，对提高民族文化水平起了积极作用。
但激进党并不是想真正反对宗教，而是要使宗教成为巩固统治的工具。
白里安在说明分离法案时更明确地说，这个法案不应该变成“针对教会的手枪”，而应当“开辟法国人之间和睦相处的新纪元”。所以虽然实现了政教分离，但在以后很长一段时间里，教会仍具有一定的政治影响。
[社会立法和对罢工的镇压]对付日益高涨的工人运动和一般人民群众的要求，激进派采取软硬兼施的策略。一方面颁布一些社会立法，向工人让步，另一方面血腥镇压工人罢工。
从19世纪晚期开始，改善工人的工作条件和生活待遇成为欧美各国瞩目的社会问题。各国相继颁布了社会立法，但法国在此问题上步履蹒跚。直到 20世纪初，激进共和派政府才颁布了一系列社会立法。1900年3月，通过了缩短工作日的法律，规定男工每天劳动时间不得超过11小时，1905年3月，通过了二年兵役法，缩短了服兵役的时间；1906年通过每周一天休息制， 1910年4月，通过了工农退休金法，规定年满65岁即可享受退休金，虽然年龄太高，被人们称为“死人养老金”，但毕竟从无到有，还是前进了一步。
但是在让步的同时，对工人斗争的镇压也在升级。1906年3月，鲁维埃内阁垮台，左翼激进党人萨利昂组成新内阁，克雷孟梭任内政部长，并成了内阁的实际领导人，同年10月，克雷孟梭组成了以他为首的内阁。他上台后，一方面表示要改善劳动条件，调整企业主与工人的相互关系，缓和资本家和无产阶级的矛盾。而且为德雷福斯和皮卡尔加薪晋级，恢复名誉，将左拉的遗骸移葬至巴黎先贤祠。另一方面对工人的罢工斗争、社会主义运动一概采取野蛮的血腥镇压手段，多次出动军警，造成流血冲突，其残酷性和频繁程度都超出了温和共和派执政时期。人们称克雷孟梭为“屠夫、杀人犯”。1909年7月，克雷孟梭垮台后，独立社会主义者白里安组成新内阁，参加内阁的还有米勒兰（任公共工程部长）、维维亚尼（任劳工部长），他们都背叛了自己社会主义的诺言，成为资产阶级的掌权者，任内继续推行镇压工人运动的政策，疯狂镇压工人的罢工斗争，工人们称它为“三叛徒内阁”。