[对中国的经济侵略]在第一次中法交往高潮过后几十年，西欧各国经历了向资本主义过渡的巨大变化，而闭关锁国的中国则明显落伍，日显孱弱，成为西方殖民主义、帝国主义鱼肉的对象。法国参加了西方列强对中国的侵略，并在不平等的基础上开始了新的交往，在中法关系史上留下了不光彩的一页。
法国通过鸦片战争、中法战争、镇压义和团运动与中国签订了一系列不平等条约，对中国实行经济侵略。
首先，强迫中国开港通商。法国通过《中法黄埔条约》、《中法天津条约》、《中法北京条约》、《中法会订越南条约》迫使中国对法国开放广州、厦门、福州、宁波、上海、登州、台湾、潮州、琼州、淡水、江宁、天津以及西南边境等为通商口岸，法国在这些口岸倾销本国商品，使中国成了他们的商品市场。
第二，控制中国关税。为了使法国商品倾销中国畅通无阻，法国迫使中国接受低税率的协定关税，并不得任意更改。根据协定其货物税率，大部分相当于值百抽五。虽在1858年《中法天津条约》规定每隔7年修订一次税则，实际上直到1902年始终没有改变。在中法战争结束后的和约中，又规定了中越间陆路贸易减税的原则。法国还参与控制中国海关的活动。上海小刀会起义后，上海海关被捣毁，外国军队乘机占据上海海关，法国领事会同英、美领事于1854年6月与苏松太道吴健彰商定由三国领事各推荐一人充当司税。
法国充任司税的是副领事史密斯。虽然这种制度只限于上海，未得到清政府承认，但它是中国海关为外国人控制的开端。
第三，明火执仗进行经挤掠夺。法国在对华战争后，往往逼中国赔款，敲榨勒索。《中法天津条约》规定中国对法国赔款200万两银。《中法北京条约》又逼中国交给法国赔款800万两，恤金20万两。法国还通过《辛丑条约》和其它帝国主义国家瓜分了4.5亿两赔款。
此外，法国还通过不平等条约获得片面最惠国待遇。
[对中国主权的侵犯]在进行经济浸略的同时，法国还在中国掠取领事裁判权、建立租界、争夺势力范围，侵犯中国的主权。
根据黄埔条约，法国人在中国的土地上胡作非为，闹事犯法，中国不能依据中国法律治罪，而由法国领事按法国法律处理。这些规定破坏了中国司法主权，在实际中，法国领事又往往庇护法国罪犯，因此，使得法国的罪犯在中国可以为所欲为，横行无忌。
法国在中国建立租界始于1849年，但1844年的黄埔条约已经为这一侵略行为作了辅垫。1844年黄埔条约第22款使法国人获得在五口自由居住，租建房屋的权利，而且规定：“房屋间数，地段宽广，不必议立限止。”1848年，上海法国领事敏体尼上任后，借法国传教士的永租地建立了领事馆，以后，他用法国商人要租界土地的借口，向上海道台要求一块租借地。在法国领事的胁迫下，上海道台于1849年4月发布公告，规定以上海县城（北门外的城河）与英租界（南界的洋泾浜）之间，作为法租界，总面积约986亩。
1862年，法国在上海成立法租界工部局，由法国领事统制。租界俨然是国中之国。除上海租界外，法国人还相继在沙面（1861年）、天津（1861年）和汉口（1896年）设立了租界。
中日甲午战争后，各西方列强视贫弱的中国为猎物，掀起了瓜分中国的狂潮。1897年，德国强占胶州湾，接着各帝国主义国家纷纷仿效，争夺各自的势力范围。法国依仗它在印度支那的有利地位，把目光放在中国的两广和云南地区。早在中法战争时，法国已注重在中国西南诸省发展自己的势力， 《中法会订越南条约》不仅打开中法边境交易的大门，还为法国在中国建造铁路提供方便。《中日马关条约》签订后，法国又会同德、俄对日施加压力，干涉还辽，然后乘机向清政府索取“报酬”。1895年6月，订立了《中法界约》和《中法商约》，条约增开商埠，并规定中国将来在云南、广西、广东等省开采矿产，先向法国厂商及矿师人员商办，越南铁路接至中国境内。1896年，法国又获得承筑龙州至同登铁路。法国开始获得西南诸省开矿及筑路等特权。
德国强占胶州湾后，法国不甘落后，1898年4月10日，法国代办吕班强迫总理衙门致书法使，并作正式宣示：清政府答应不把云南、广西、广东三省割让或租借给其他国家；同意法国由越南边界建造铁路至云南府，以作为河内至劳开（保胜）铁路的延长；同意法国租借广州湾（现湛江地区）。
同年5月27日，中法签订《中法广州湾租借条约》，划定租借地界限，确定租借年限为99年。西南诸省由此成了法国的势力范围。
[对中国的文化侵略]法国对中国文化侵略集中表现在中国传教，用天主教的精神鸦片毒害中国人的灵魂，为他们在其他方面的侵略服务。
早在1724年初（雍正元年年底），清政府宣布禁止信仰天主教，不许外国人在中国各地传教。随着洋人的坚船利炮打开中国大门后，西方列强力争天主教弛禁。《南京条约》已有保护传教者的条文，法国人通过《黄埔条约》获得在五口建造教堂的权益。此后，法国成为争取传教权的急先锋。法国使臣刺萼尼在《黄埔条约》签订后，又迫使耆英上奏道光批准弛禁。1844年，道光帝在耆英奏本上批：“依议钦此”。天主教弛禁后，教士们怂恿刺萼尼向清政府提出发还雍正年间被查封的天主教堂旧址。道光帝被迫于1846年2月20日（道光二十六年正月二十五日）发布上谕，正式宣布解除对天主教的禁止，并把康熙年间建造的天主教堂还给教徒。
根据这项上谕，法国传教士在各地纷纷要求发还旧址，这些旧址事实上并不还给教徒，而成了法国教会的财产。在上海，法国教会得到了上海县城南门外的一处天主堂；城内另一处天主堂因旧址改建帝庙，法国教会另得董家渡、洋泾浜等三处市肆房屋作为抵偿。在北京，法国主教孟振生也强行索回北京东、西、北三处教堂。此外，传教士还建造许多新教堂。
道光帝在上谕中禁止外国人到内地传教的，但法国传教士仍非法潜入内地传教。在1844年—1858年间，法国传教士在内地的活动范围遍及25个省区。由此造成了许多教案。最重要的是西林教案。1853年，法国教士马赖潜入广西西林县，以传教为名，欺压人民，奸污妇女，作恶多端，1856年，新任西林县知县将其逮捕并处死。法国以此为借口，伙同英国发动了第二次鸦片战争。
在第二次鸦片战争后签订的中法《天津条约》中规定：“凡按第八款备有盖印执照安然入内地传教之人，地方官务必厚待保护。”法国由此获得入内地传教的权益。
法国在中国的传教活动主要是通过讲道、洗礼，发展天主教信徒，此外，还创办医院、孤儿院、留养院，开办各种学校，他们创办慈善事业主要是为传教服务的，开办学校也是为了进行文化侵略，他们自己曾说：“学校在传教区内作了很多开辟传布道路的工作，它们常常起着尖兵的作用，是布置轰炸敌人堡垒的工兵和弹药手。它们是特别用来帮助传教士的工具。”当然，在客观上，这些教会学校和慈善事业对在中国传播西方先进文化以及资产阶级自由民主也起过一定的积极作用。
随着法国教会在中国的发展，不少传教士成为干涉行政、包揽诉讼、搜集情报、霸占田产、欺压人民的恶势力。
[清代两国公使的互派]早在《黄埔条约》签订前，法国就曾有领事在中国，1776年法国曾在广州设领事馆，第一位法国驻广州领事是旧时大班傅格林。《黄埔条约》签订前的领事是法国单方面任命的。并未得到中国政府的认可，而且具有临时性质，时有时无，其职责也主要局限于管理法国在华的商务上。
1844年《黄埔条约》使法国获得在五口设领事的权利，除了办理贸易事务外，还有领事裁判权，成了维护法国在华利益的重要设置。为了加强法国在华的外交机构，1847年1月16日，基佐向法国国王建议在中国设“公使”
兼代办一人，其任务在于“总理贸易事务”。并推荐法国驻里斯本使馆秘书卢昂于1847年4月24日启程搭船来华，1848年1月到广州，致书清朝钦差大臣耆英，受到耆英的接待。不久法国又在上海设立领事馆，法第一任驻沪领事敏体尼1848年10月到任。
《北京条约》签订后，法国获得使节长驻北京的权利。1861年3月法国首任驻北京公使布尔布隆抵京。
中国于《北京条约》签订后，在外交机构上也有若干变化。以前和外国交往事宜由钦差大臣两广总督负责。1860年10月清政府设总理各国事务衙门，而且也向国外派驻使节。中法外交关系趋向正规化。
1867年11月21日，恭亲王奕诉奏请遣派前美国驻华公使蒲安臣为中国派往其他各国的特命大使。蒲安臣带着华人随员30人左右于1869年1月24日以中国使臣身份会见拿破仑三世，递交了中国国书。
1878年，郭嵩焘被命为第一任中国驻法公使，于5月6日在巴黎呈递国书。此后，两国不断互派使节，进行交往。