国王的阴谋活动然而，就在以克伦威尔为首的独立派高级军官将平等派士兵镇压下去的时候，形势又发生了急遽的变化。
原来，国王查理一世从1647年10月起就秘密地同苏格兰的使者来往，阴谋勾结苏格兰的封建主来恢复他在英国的统治地位。11月11日夜，查理一世从原来监管他的汉普顿宫逃到了怀特岛的卡里斯小溪堡。在这里他继续同苏格兰的使者秘密接洽。
查理一世逃跑的消息传出后，在国内引起强烈的震动。克伦威尔听到这个消息后却暗自庆幸。因为他觉得这样一来，士兵鼓动员就无法接近国王，这就有利于保证国王的安全，也有助于他对鼓动员的约束，使鼓动员更服帖地听从长官的命令。就平等派来说，这时正是他们在灌木林原野的起义被镇压以后。国王逃跑的消息使他们非常激愤，同时对一再与国王相勾结的克伦威尔更为仇恨。
虽然他们遭到了巨大的挫折，但却更坚定了斗争的决心。据当时人说，当时军队里大约有三分之二的士兵仍公开声言他们要继续斗争。“虽然他们知道，要是起义的话，肯定会失败的，但他们仍不会就此罢休。” 1647年底和 1648年初，平等派加强了活动。他们发表言论，出版小册子，对克伦威尔等人的背叛行为进行猛烈的抨击。由于平等派的宣传活动，克伦威尔等高级军官的威信逐日下降，而平等派的影响迅速增长了起来。
独立派高级军官态度的转变在上述形势下，以克伦威尔为首的高级军官又陷入了他们在第一次内战刚结束时曾经遭遇的境地，左右受敌，进退维谷。摆在他们面前的只有两条路，或者继续向右转，勾结国王；或者向左转，与平等派士兵重新联合，共同与王党作斗争。
第一条道路是克伦威尔等人自第一次内战结束以来一直想走而未走通的道路。因为在他们的右方还站着比他们更保守更反动的长老派和苏格兰封建主。国王宁愿接受苏格兰封建主或长老派的条件，而不愿答应独立派的要求。
关于这一点，克伦威尔等人逐渐认识清楚了。特别是这年11月21日，克伦威尔截获了国王查理一世给王后的一封密信（“马鞍书信”）。从这封信的内容可以清楚地看出，查理一世宁愿得到苏格兰人的支持，而绝不接受克伦威尔提出的条件。在这严酷的事实面前，克伦威尔不得不打消继续同国王相勾结的念头。对此，他后来曾说：“当发现我们不大可能从国王那里得到任何可以忍受的条件时，我们立刻就决定要使他毁灭。”
克伦威尔所以不敢继续同国王勾结，另一个重要原因是，他这种行为在士兵群众和广大中下层人民中引起强烈不满，使他不得不考虑这样下去可能导致的危险后果。11月底，当国王的使者贝克莱到军队里去找克伦威尔谈判时，克伦威尔就托人转告他不愿和他见面。他说：“这对我们两人来说都是危险的。”他并且表示，虽然他一向乐意为国王服务，但他不愿为了国王而自取灭亡。
在这样的情况下，克伦威尔等高级军官的政治态度在11月下旬短短几天之内发生了急遽转变。原来百般为国王辩护，力图与国王相勾结，并对平等派废除王权、审判国王的要求予以猛烈抨击，现在却一变而为拒绝同国王谈判，同意审判国王，也就是说，突然与平等派采取同样的立场了。这种突如其来的转变，从表面上看，似乎颇为费解，但从当时阶级斗争的客观环境来分析就可看出，它不是由个别事件或克伦威尔的一时兴致所引起，而是由斗争的现实所决定的。
当然，对克伦威尔等人来说，这是一个不得已的痛苦的抉择。12月24日，在温莎的祈祷会上，克伦威尔和艾尔顿等高级军官“以非常激动和悲伤的心情祈祷着……从早晨9点钟直到晚上7点钟”。最后才决定：“国王应该作为有罪的人加以处决。”独立派与平等派的重新联合独立派高级军官同国王断绝关系后，鉴于国王勾结苏格兰封建主伺机进行反扑，即将发动内战，不得不回过头来与平等派重新联合。在1647年12月21日的军队会议上，克伦威尔将以前参加灌木林原野起义的平等派军官全部释放。1648年4月29日在温莎举行军官会议时，平等派的军官以及以前的一些鼓动员如艾伦等全部参加了。在这次会议上，一致决定把查理一世作为血腥的罪犯、使国家蒙受重大痛苦的罪魁祸首加以审判。但是，以克伦威尔为首的独立派与平等派联合不过是一种权宜之计。他们非但没有接受平等派的纲领，反而更加处心积虑地准备推行他们原来那一套保守的政治计划，用改头换面的形式继续保持君主制度。
从1647年底到1648年初，英国国内的形势非常紧张，新的内战即将爆发已是十分明显的事。1647年12月26日，查理一世同苏格兰的使者订立了秘密的“协约”。规定苏格兰人派军队前来帮助查理一世恢复王位，解散现有的英国军队和议会，查理一世则答应在英国全国推行长老派宗教。虽然这个“协约”非常秘密，同铅裹了起来，埋在怀特岛的卡里斯小溪堡的花园里，但在1648年初，消息即渐渐传出，国内有些地区的王党分子也蠢蠢欲动，阴谋发动叛乱。
然而直到这个时候，克伦威尔等高级军官的政治立场仍没有任何改变。
尽管他们已不能把希望寄托在查理一世身上，但他们仍没有废除君主制建立共和制的决心。1648年初在一次讨论未来政府机构问题的会议上，据在场的人记载，一些共和主义者（当时人称之为“共和人士”（Commonwealthman）要求立刻成立自由的共和国，并审判国王查理一世。克伦威尔和他的朋友们对这个问题却尽量回避，抱着“超然事外”的态度。另外，有些历史资料足以证明，直到1648年春，克伦威尔等人曾打算推威尔士亲王或约克公爵出来代替查理一世为国王，以此来保持君主制度。只是因为威尔士亲王本人不同意，而约克公爵已逃到了法国，这个计划才未实现。就平等派来说，当独立派重新与他们联合的时候，他们并没有放弃自己的原则，同时，他们通过长期的斗争实践，已认识了克伦威尔的真实面目，对他是存有戒心的。然而，直到这时，平等派仍然没有认识到领导权和独立组织的重要性。
当克伦威尔等独立派高级军官被迫与他们重新联合的时候，他们没有趁此机会把士兵中的鼓动员委员会恢复起来，也没有采取其他措施来建立一个独立的组织和领导中心。他们的行动仍旧处于克伦威尔为首的独立派高级军官的领导和指挥下。可以说，平等派这时仍旧是实践落后于理想，行动跟不上言词。这就为他们以后的失败埋下了祸根。