第二次内战的爆发 1648年2月，南威尔士的王党进行暴动，从而开始了第二次内战。这时许多地区的贵族公开拥护王党，伦敦也出现了敌视议会军的活动。海军原来是坚决支持议会的，这时也转向王党方面。原来与议会军一起反对国王的苏格兰人，这时也转而与议会军为敌。5月间，在肯特地区，王党分子占领了许多城市；在英格兰北部，王党分子和苏格兰的军队共同行动；有一部分舰队也投到了王党方面。有人形容当时的形势是：“国王和议会上下两院、地主和商人、伦敦城区和农村、主教和长老派以及苏格兰的军队、威尔士人、英格兰的舰队，一切的力量都反对克伦威尔的铁骑军。”虽然王党在第二次内战开始阶段取得了一连串胜利，但在议会阵营，独立派和平等派已重新联合，军队恢复了团结。在1647年12月21日的军队会议上，克伦威尔宣布将以前因参加魏尔事件而被捕的平等派军官全部释放。
1648年4月29日，在温莎举行军官会议时，平等派的军官和以前的一些士兵鼓动员如艾伦等人都参加了。在这次会议上，通过了平等派提出的建议，即把查理一世作为血腥的罪犯、使国家承受重大痛苦的罪魁祸首而加以审判 。议会军的士兵奋勇作战，反击王党分子的反扑。各地的社会中下层人民积极支持议会军，并主动参与同王党的斗争，因而战局很快有利于议会军。1648年7月上半月，议会军镇压了南威尔士的王党叛乱。8月，在普雷斯顿附近的决定性战斗中，王党军队被击溃。这个月的31日，王党在东南方的最后根据地科尔切斯特向议会军投降。第二次内战以议会军的胜利而结束。
“普莱德清洗”
当议会军开赴前线作战的时候，议会内的长老派趁机秘密与国王谈判，企图使国王在接受他们的条件（“纽波特条约”）下复位。长老派的活动引起人民普遍不满，社会中下层人民和军队里的士兵纷纷向议会递交请愿书，要求审判国王，把国王作为内战的祸首加以惩处，同时要求清除议会里同国王勾结的反动议员。1648年4月9日，军队召开了一次军官会议，在平等派鼓动员参加下，通过了追究国王查理一世罪责并对之进行审判的决议。同年 11月10日，当军队从前线胜利归来到离伦敦不远的圣阿尔班斯的时候，军官会议通过了一项“军队抗议书”，谴责议会里一些议员同国王进行谈判的行为；要求成立审判国王的法庭；将现存议会解散；废除君主制等。当议会表示拒绝接受这些建议时，军队就于1648年12月2日再度开进伦敦，并派人到怀特岛将国王押到赫斯特城堡，以断绝议会同国王的来往。这时，社会中下层人民和军队里的士兵革命热情高涨，平等派的影响大为增长。军队所采取的许多措施，实际上都是平等派的主张。军队领导权在形式上虽然处于费尔法克斯和克伦威尔手中，但实际上中下级的进步军官如哈里森、普莱德、艾沃尔等人在许多重大问题上都掌握了主动权。当军队得知12月5日议会以 129票对83票通过了继续在“纽波特条约”的基础上与国王谈判的消息时，就决定对议会采取行动。当时军队面前有三种途径可走：一是将现存议会解散，重新进行议员选举，但这样做有可能使一部分敌视军队的人在选举中重新被选入议会，反而对议会不利。所以赖德洛等激进人士认为这种办法不妥。
第二种办法是将议会干脆解散也不再选举，由军队直接控制局势（后来克伦威尔就是这样做的），但这种方式在当时不会为人民所接受。第三种方式是将议会中敌视军队、竭力主张同国王进行谈判的议员清除出去，剩下的议员继续开会，最后这一办法为军队中的激进分子所接受。12月6日清晨，军队在未得到统帅部的命令的情况下，径自占领了各条通向议会的通路。普莱德上校拿了一份事先拟好的议员名单，站在议会大厦的入口处，不准名单上开列的议员进入议会。最初，普莱德只认出少数人，后由守卫人员帮助他指认那些名单上开列的议员。不久，格雷勋爵前来，站到普莱德上校身旁，帮普莱德指认并将那些进行反抗的议员带到附近一个名为“王后宫”的建筑中加以囚禁。次日清洗继续进行，约100多名议员被从议会“清洗”出去，他们大多是长老派议员。经过“普莱德清洗”以后，到会的议员只剩下约200人，即“残余议会”，主要由独立派议员组成，此后，独立派就在议会里占了统治地位。这次事件，克伦威尔事后才得知，他在既成事实面前，不得不表示 “对此感到高兴并将努力加以支持”。