征讨爱尔兰军队的变质克伦威尔借口镇压从1641年开始的爱尔兰的“叛乱”，1649年8月亲率1万多军队在都柏林登陆。到都柏林后他宣称，他和他统率的军队正在从事“反对野蛮的、血腥的爱尔兰人及他们的支持者和同盟者，并从事宣传基督福音，建立真理与和平，在这个血流遍地的国度，恢复其往日的幸福和安宁……”克伦威尔希望能得到英国议会的支持。由于这里交通不便，道路状况很差，而且气候潮湿，瘟疫流行，英国军队在爱尔兰遇到很大困难，但克伦威尔以残酷手段击溃了爱尔兰人的抵抗，很快就攻占了德罗弗达城，将守卫该城的部队和包括老弱妇孺在内的全城和平居民加以屠杀。然后，克伦威尔率领英军向爱尔兰南部进军，攻占了沿海城市威克洛。爱尔兰遭到彻底破坏，有三分之一的人口死于战争。一个英国军官说，瘟疫和饥饿遍及爱尔兰， “人们在二三十英里方圆的地方，见不到一个活着的生物，无论是人、野兽或鸟雀。”另一个军官说：“地球上从来没有一个国家的普通人民遭受过如此悲惨的命运。”1650年，英军完全占领爱尔兰沿海一带，克伦威尔将征服爱尔兰之事交给了他的助手，他本人则去从事对苏格兰的征讨。
英军征服爱尔兰的工作到1652年5月基本结束，大批爱尔兰的土地被英国占领军没收，这些土地大部分落入英军高级军官和英国的大资产阶级之手。另外，还发给英军士兵们一种“债券”作为以后领取土地之用，但许多士兵因为经济困难，需要现款，就把“债券”折价卖给了军官。此后，克伦威尔以及其他许多英国的高级军官都成为爱尔兰的大土地所有者。英国的军队曾是革命的主要工具，现在由于对爱尔兰的征讨和侵略，逐渐腐化变质。
这支变了质的军队，日后成了克伦威尔建立军事独裁政权的支柱。
征讨苏格兰对苏格兰的征讨是从1650年开始的，苏格兰人与查理一世的儿子查理·斯图亚特（即后来的查理二世）联系，企图在英国复辟斯图亚特王朝。
查理·斯图亚特即以苏格兰为基地，与英吉利共和国为敌。克伦威尔率领英军同苏格兰人作战。1650年7月底，克伦威尔指挥的1.6万军队攻入苏格兰。
但由于疾疫和缺粮，到了秋天，英军只剩下1.1万人左右。苏格兰人挖掘壕沟，顽强抵抗，英军处境不利。但由于苏格兰的统帅莱斯利错误地将军队布置在山峦和深谷之间，使苏格兰军队无法发挥战斗作用。在9月2日晚一个风雨交加之夜，克伦威尔指挥的英军在邓巴尔发动猛攻。9月3日当太阳从东方升起时，英军高呼：“上帝高升，粉碎敌人。”在英军猛烈攻击下，苏格兰人溃不成军。克伦威尔取得了决定性的胜利。到1651年春，苏格兰人又组织了一支新的军队，由查理·斯图亚特率领攻入了英国。这时克伦威尔仍在苏格兰指挥作战，闻讯即率领英军从苏格兰回军追击，在伍斯特附近追上了查理·斯图亚特，将其彻底击溃。
克伦威尔在击败了苏格兰的军队后，将苏格兰正式并入英国。1654年发布了合并的命令，苏格兰的议会被取消，在英国议会里增添了30个议席给苏格兰的代表。