英国和荷兰的矛盾在“骑士议会”中，议员们对国王的挥霍无度和对财政补助不断增长的要求日益不满。第二次英荷战争爆发后，议员们的不满情绪更加高涨。
复辟时期，英国已不再像克伦威尔时代那样受到欧洲的重视，而是被欧洲大陆诸国看成无足轻重的岛国。在欧洲大陆的人们看来，英国内部纷争，社会混乱，无法与欧洲相对稳定的君主制国家抗衡。
当时，除了荷兰人之外，欧洲很少人懂得英语，了解英国历史和文化的人也很少，而英国人自己还抱着一种畏惧外国人的心理。在17世纪，荷兰是英国争夺海上霸权的主要敌手，当查理二世同葡萄牙的公主、布拉干萨的凯瑟琳结婚时，作为凯瑟琳的嫁妆，除了80万镑现款外，还有非洲摩洛哥北部港口丹吉尔和印度的孟买。但孟买的葡萄牙总督却拒绝将孟买交给英国人，而荷兰的东印度公司却为荷兰人聚集了大量财货，并将这些财富源源不断地运向荷兰。同时，荷兰人还在北美的新英格兰扩张势力，在哈德逊河口建立了殖民地。英国人眼看在海外贸易的斗争中落到了荷兰人的后面，即集中力量建造新的船舰，添置大炮，准备与荷兰人一决雌雄。为了集中人力和财力，把克伦威尔时代在欧洲大陆占领的敦刻尔克以40万镑卖给了法国。出售敦刻尔克虽然得到国王和约克公爵的同意和支持，但主要是克拉兰敦的主张。克拉兰敦此举主要是为了减轻政府的财政负担。因为查理二世政府每年需支付10万镑给驻守在敦刻尔克的卫戍部队，查理二世的政府无力担负这笔沉重开支。虽然克拉兰敦为此而受到国人的谴责和诽谤，但这是英国集中力量与海上主要劲敌荷兰作斗争所不得不采取的措施。
第二次英荷战争（第一次英荷战争发生于1652年）在1664年实际上已经开始，不过到1665年2月22日才正式宣战。这次战争的根本原因在于英国和荷兰海外商业利益的冲突。1651年英国制订的“航海条例”，其主要矛头就是对准荷兰。到1660年英国议会制订新的“航海条例”，对荷兰更加不利。1663年，英国议会又颁布了一项“商品产地法案”，企图将荷兰的商业完全排挤出英国殖民地。根据这个法案，当从欧洲把货物输往英国的各殖民地时，必须从英国本土运输出去，或者用英国的船只运送。
1664年3月，查理二世宣布将北美洲哈德逊河口的新尼德兰（原属于荷兰）的土地赠予他的兄弟约克公爵，这种擅自将别国属地宣布为己有的做法，实际上是一种和战争无异的行为。对这种行为，宫廷内部意见分歧。包括克拉兰敦在内的一些大臣认为，战争可能会使政府已经很困难的财政问题更为严重。他们的这种态度遭到主战分子如约克公爵、亨利·班奈特、托马斯·克利福德等人的驳斥。到1664年，查理二世向伦敦城区借到20万镑款项，就更加积极准备向荷兰开战。查理二世认为，依靠英国海军袭击荷兰商船，可以获取很大的经济利益。因为在1652年—1654年第一次英荷战争中，英国就曾因为打败荷兰使英国的商船船队的吨数增加了一倍。英荷战争的开始英荷海军于1664年在非洲西海岸开始交战，后战争逐渐转移到英国领海。1664年11月召开的新的一届议会经过反复的讨论和争辩，最后通过给查理二世500多万镑的费用，这足够查理二世用来同荷兰作战。然而战争开始后，英国海军却未得到预期的胜利。1665年6月，在洛斯托夫特，双方的主力舰队发生了激战，英荷双方都有数名将军阵亡。荷兰舰队司令的旗舰被英国大炮击中，舰上弹药库起火爆炸，荷兰遭到失败。但荷兰的德莱特将军从西印度群岛回到荷兰后，重新组织舰队反击英国的进攻。1666年6月，双方在北福尔兰发生大战，英军遭到重创，蒙克和鲁伯特指挥的两支舰队退回到泰晤士河。虽然后来英国舰队重整旗鼓，再度击败荷兰人，但荷兰人仍然顽强战斗，而英国此时在外交上反而陷入孤立的境地，法国和丹麦加入到荷兰的一边反对英国。同时英国政府的财政困难也更为加剧。1667年，荷兰舰队溯麦德韦河而上，冲毁查塔姆港口的水栅，在伦敦可以听到荷兰舰队发出的炮声。查理二世即向荷兰及其盟国求和，荷兰人也不堪战争的沉重负担， 1667年7月21日，英国与荷兰、法国、丹麦签订了布列达条约，结束了第二次英荷战争。根据条约，英国和荷兰都承认当时两国所占有土地的现状，英国继续保有新阿姆斯特丹（即现在的纽约），荷兰继续占据苏里南。
1665年春天，伦敦发生了一次大瘟疫，这是1348年发生黑死病以来最严重的一次瘟疫。接着在1666年9月伦敦又发生了一次大火灾。大火首先是从伦敦桥附近发生的。这里到处都是木板房，街道狭窄，熊熊烈火一连烧了几天。查理二世下令拆毁一些居民的房屋，以隔开火势，防止大火蔓延。这次火灾造成重大损失，死亡人数达7万人之多，大多为贫苦的人民。大火对社会、经济所造成的破坏也非常严重。在9月2日至6日连续几天的熊熊大火中，伦敦城区大部化为灰烬，有13，200所房屋被毁，89座教堂荡然无存，被焚毁的货物约值350万镑。当时人们对国内财政困难、经济萧条已非常不满，再加上外交上的挫折以及大瘟疫和大火灾，所以愤懑之情日益高涨，很多人把忿怒发泄到当时在政治上享有重要地位的克拉兰敦身上。查理二世也不信任克拉兰敦，1667年 8月30日，查理二世要求克拉兰敦辞职。10月，议会再度开会，有人提出对克拉兰敦进行弹劾。克拉兰敦知道20多年前国王的宠臣斯特拉福的下场，所以赶忙逃亡到法国。在流亡国外时，他写了著名的《英国的叛乱与内战史》一书。
克拉兰敦倒台后，行政权力暂时由阿林顿掌管。议会认为，应该扩大政府的代表性，所以从1668年起权力又转到了由几个人组成的所谓“卡巴尔”
的枢密会议的手中，“卡巴尔”是未来内阁的胚胎。不过，这时“卡巴尔”
并不固定，在“卡巴尔”内部意见也不一致，彼此之间常常互相敌对，政策的实际制订者仍是国王本人。查理二世的周围，除“卡巴尔”五人以外，还有其他一些有势力有影响的人物。